מזון בריאות פפטיד רק צריך להיות ממוקם במקום קריר ויבש.

עבור ריאגנטים פפטידים ותרופות פפטידים, יש לשמור אותם במייבש. ניתן להניח פפטידים מיובשים בהקפאה בטמפרטורת החדר לפני חשיפתם לאוויר. זה יקטין את השפעת הלחות, וכאשר ייבוש בהקפאה אינו אפשרי, הדרך הטובה ביותר היא לאחסן בנפחי דגימות עבודה קטנים. עבור ריאגנטים פפטידיים המכילים Cys, Met או TrP, מאגר הדה-אוקסידציה חיוני להתמוססות שלהם, מכיוון שהריאגנט הפפטידי מתחמצן בקלות באוויר, וחנקן או ארגון זורמים באיטיות מהריאגנט הפוליפפטיד לפני איטום הבקבוק גם יפחית את החמצון. גם ריאגנטים פפטידים המכילים Gln או Asn מתכלים בקלות, ולכל הפפטידים יש אורך חיים מוגבל בהשוואה לאלו שאינם מכילים את הליוזידים הבעייתיים הללו.
לפפטידים מגוון רחב של מסיסות. הבעיה העיקרית בחוסר מסיסות פפטידים היא היווצרות של מבנים משניים. זה קורה בכל הפפטידים החשובים ביותר מלבד הפפטידים, במיוחד בפפטידים עם שיירים הידרופוביים מרובים. מלח מקדם היווצרות מבנה משני. אנו ממליצים תחילה להמיס את הפפטיד במים מזוקקים סטריליים או דה-יוניזציה. אם יש צורך להגביר את המסיסות, ניתן להשתמש בקול. פירוק הוא עדיין בעיה, הוספת כמות קטנה של חומצה אצטית מדוללת (10 אחוזים) או אמוניה תקל על פירוק.
לשימור ארוך טווח של ריאגנטים פפטידים, עדיף לייבוש בהקפאה, וניתן לאחסן את האבקה המיובשת בטמפרטורה של -20 מעלות ומטה למשך מספר שנים עם פירוק מועט או ללא פירוק. פפטידים בתמיסה רחוקים מלהיות יציבים. פפטידים רגישים לפירוק חיידקים ויש להמיס אותם במים מטוהרים סטריליים.
לתמיסות פפטידים המכילות שאריות Met, Cys או Tyr יש אורך חיים מוגבל עקב חמצון. יש להמיס בממס אנאירובי, על מנת למנוע הרס חוזר בהקפאה-הפשרה, מומלץ להמיס את עודפי הפפטיד בניסוי הקקי, ושאר הפוליפפטיד נשמר כהיווצרות מוצקה.