ההבדל בין חלבונים לפפטידים הוא המבנה, התפקוד והקונוטציה שלהם.

1. מבחינת מבנה:
פפטידים מתייחסים לשרשראות חומצות אמינו ליניאריות הנוצרות על ידי התייבשות ועיבוי של חומצות אמינו מרובות.
חלבונים, שעשויים להיות להם רק שרשרת פוליפפטידית אחת או עשויים להיות מורכבים משרשרות פוליפפטידיות מרובות.
2. מבחינת פונקציה:
חלק מהפפטידים פעילים ביולוגית וחלק לא.
חלבונים פעילים ביולוגית.
3. מבחינת הקונוטציה:
פפטידים, בדרך כלל רק מדגישים את הרצף הליניארי שלו, כלומר, המבנה הראשוני.
חלבון הוא הבסיס החומרי של החיים, מקרומולקולה אורגנית, חומר אורגני בסיסי המהווה תא, והנושא העיקרי של פעילויות החיים. אין חיים בלי חלבון. חומצות אמינו הן אבני הבניין הבסיסיות של חלבונים. זהו חומר הקשור קשר הדוק לחיים ולכל צורות פעילות החיים.
בכל תא ובכל המרכיבים החשובים בגוף יש חלבונים מעורבים. חלבון מהווה 16% ~20% ממשקל הגוף האנושי, כלומר, למבוגר במשקל 60 ק"ג יש כ-9.6~12 ק"ג חלבון בגופו. ישנם סוגים רבים של חלבונים בגוף האדם, בעלי תכונות ותפקודים שונים, אך כולם מורכבים מיותר מ-20 סוגים של חומצות אמינו בפרופורציות שונות, ועוברים חילוף חומרים ומתחדשים כל הזמן בגוף.